Утром 12 августа 2000 года «Курск» вышел в назначенный район для производства условного ракетного удара по кораблям «противника». Далее планировалось выполнение торпедной стрельбы по отряду боевых кораблей с применением практических торпед. В 11 часов 28 минут гидроакустик тяжёлого атомного ракетного крейсера «Петр Великий» зафиксировал мощный хлопок, незамедлительно доложив о нём в боевой информационный центр, на ходовой мостик и в центральный командный пункт.
Позднее Норвежский институт сейсмических исследований подтвердил данные о зафиксированных взрывах.
По истечении срока, установленного для проведения торпедной атаки, наблюдатели сообщили, что следов выстрела не обнаруживают, всплытия атомохода не наблюдается.
Крейсер «Петр Великий» совместно с отрядом кораблей проследовал через район предполагаемых действий «Курска».
Затем были отданы распоряжения об осмотре кораблями и вертолетами района возможного нахождения и всплытия «Курска», после чего дежурным силам флота был объявлен сигнал боевой тревоги. В полигон боевой подготовки вылетел противолодочный самолёт ИЛ-38 для поиска подводного крейсера.
В 04 часа 36 минут 13 августа 2000 года гидроакустическими средствами крейсера «Петр Великий» пропавшая подводная лодка была обнаружена лежащей на грунте на глубине 108 метров. Это означало, что случилась крупнейшая авария и надо действовать незамедлительно.
Одной из главных проблем первых суток после обнаружения лодки стало отсутствие на Северном флоте необходимого глубоководного оборудования и первичный отказ Российской Федерации от помощи, предложенной норвежским и британским флотами. Батискафы Российского флота столкнулись с проблемами при погружении – неконтролируемая разрядка батарей, ухудшение погоды, сильное придонное течение, плохая видимость.
Автономно-спасательные аппараты АС-32 и АС-34 получили повреждения и фактически не был пригодны для дальнейшего использования. После безуспешных попыток проникнуть в лодку 15 августа Главным штабом Военно-Морских Сил было официально объявлено о начале спасательной операции и принято решение привлечь к ней иностранцев. 19 августа во второй половине дня к месту трагедии подошло норвежское судно «Normand Pioneer» и британская мини-лодка LR5. 20 августа к работам также было допущено норвежское судно «Seaway Eagle».
Поступавшая информация давала надежду – докладывали о зафиксированном сигнале девять ударов – пауза – девять ударов, соответствующем международному сигналу SOS. Однако позже эксперты установят, что стучала якорная цепь о выступающие части якорного клюза.
Как свидетельствует официальное расследование, взрыв 650-мм торпеды, находившейся в четвёртом торпедном аппарате, произошёл в результате нештатных процессов, из-за окислителя данной торпеды. Практически мгновенно погибли члены экипажа, находившиеся в первом и втором отсеках. В этот момент лодка, потерявшая управление, упала на дно, и детонация оставшихся торпед почти мгновенно вызвала сильнейшую взрывную волну и мощный пожар, от которой не смогли спастись моряки третьего отсека, двигавшиеся в сторону кормы.
В корпусе лодки образовались отверстия, сквозь которые поступила морская вода и полностью затопила первый отсек. Второй взрыв привёл к полному разрушению конструкций и механизмов первых трёх отсеков. В четвёртом, пятом и шестом отсеках моряки-подводники погибли также в короткий промежуток времени – в течение не более нескольких минут.
Из шестого, седьмого и восьмого отсеков, не получивших повреждений, уцелевшие члены экипажа, 23 человека, перенесли в кормовой отсек-убежище противогазы, спасательные гидрокомбинезоны, индивидуальные дыхательные аппараты, после чего выполнили действия по герметизации отсека, однако это не помогло – вода поступала из затопленного к тому времени восьмого отсека через повреждённую пожаром систему вентиляции.
Добраться до всплывающей спасательной камеры, находившейся в разрушенных носовых отсеках корабля, было невозможно, и моряки начали готовиться к эвакуации через спасательный люк. Подобный самостоятельный выход на поверхность мог с большой долей вероятности привести к развитию кесонной болезни, смерть в этом случае наступила бы в течение суток, поэтому члены экипажа не торопились и внимательно вслушивались в происходящее за бортом. Они понимали, что в связи с невыходом лодки на связь должна быть развернута операция по их поиску и самоотверженно боролись за жизнь, не поддаваясь панике.
Освещение в отсеках отсутствовало, но работали аварийные фонари, что дало возможность капитану Колесникову составить полный пофамильный список присутствующих в девятом отсеке и проводить перекличку.
В дальнейшем, экономя освещение, он написал записку, текст которой стал известен всему миру.
«Здесь темно писать, но наощупь попробую. Шансов похоже нет, %10–20. Будем надеяться, что хоть кто-нибудь прочитает».
Группа капитана Колесникова могла держаться в жизнеспособном состоянии за счёт системы регенерации воздуха, пластины в которой надо было менять каждые несколько часов. Из-за попадания на одну из пластин капель то ли воды, то ли масла, смесь на основе перекиси натрия и калия вспыхнула на небольшой промежуток времени, но этого хватило, чтобы уничтожить запас кислорода и наполнить помещение угарным газом. Несколько человек погибли в момент взрыва, остальные вдохнув два–три раза угарный газ. Через несколько часов девятый отсек атомной подводной лодки «Курск» был затоплен, похоронив в себе всех матросов.
21 августа 2000 года норвежскими водолазами была вскрыта крышка заклинившего аварийно-спасательного люка лодки с помощью специально изготовленных инструментов.
Доклад.
«Аварийно-спасательный люк заполнен водой. Людей в люке нет. Нижняя крышка люка закрыта».
При вскрытии нижней крышки люка стало ясно, что живыми найти никого не удастся.
22 августа приказом командующего Северным флотом спасательные работы были закончены.
23 августа 2000 года указом президента России был объявлен днём траура.
В соответствии с указом президента РФ от 26 августа 2000 года №1578 все находившиеся на борту были посмертно награждены орденом Мужества, а командиру корабля капитану 1-го ранга Геннадию Лячину присвоено звание Героя Российской Федерации. В ряде российских городов установлены памятные мемориалы в честь погибших.