В рамках индекса коррупция определяется как любые злоупотребления служебным положением в целях личной выгоды. Ориентацию на экспертные опросы инициаторы проекта объясняют тем, что при измерении коррупции статистические данные, например, число уголовных дел или судебных приговоров по фактам коррупции, как правило, «не работают». Эти данные, во-первых, не всегда доступны, а во-вторых, отражают не столько реальный уровень коррупции, сколько эффективность работы правоохранительных органов по выявлению и пресечению фактов коррупции. В этой ситуации единственным надёжным источником информации, по мнению исследователей, выступают мнения и свидетельства тех, кто непосредственно сталкивается с коррупцией (предприниматели) или профессионально занимается её изучением (аналитики).

Индекс восприятия коррупции представляет собой сводный индикатор, рассчитываемый на основе данных, полученных из экспертных источников, предоставленных международными организациями. Все источники измеряют общую степень распространённости коррупции (частотность и/или объём взяток) в государственном и экономическом секторах и включают оценку множества стран. Источники оценивают уровень восприятия коррупции экспертами, как живущими в конкретной стране, так и зарубежными, и представляют собой набор опросов предпринимателей, аналитиков по оценке коммерческих рисков и специалистов по конкретным странам из различных международных организаций.

Индекс ранжирует страны и территории по шкале от 0 (самый высокий уровень коррупции) до 100 (самый низкий уровень коррупции) на основе восприятия уровня коррумпированности государственного сектора. В итоговом рейтинге, наряду с количеством баллов и рангом страны, приводятся также число источников, разница между наиболее высокими/низкими значениями индикаторов для каждой страны на основе соответствующих источников, величина стандартного отклонения и доверительный интервал по каждой стране, который позволяет сделать выводы о точности результатов Индекса для каждой страны.

Организация прилагает немало усилий к тому, чтобы обеспечить достоверность первичной информации, используемой для составления Индекса, и валидность итоговых результатов. Согласно установленным требованиям, для включения той или иной страны в индекс необходимо не менее трёх источников информации. В целом, Индекс является относительно надёжным инструментом измерения, однако ему присущи и некоторые недостатки, свойственные экспертным исследованиям. Например, степень надёжности измерений одинакова не для всех стран. Баллы Индекса и соответствующие им ранги стран, уровень коррупции в которых оценивается на основе относительно небольшого числа источников и которые характеризуются большим разбросом в оценках, могут в итоге оказаться не вполне адекватными.

Поскольку заметные изменения уровня коррупции происходят достаточно медленно, Индекс в основном содержит усреднённые данные, собранные за три последних года, то есть он даёт представление о текущих оценках уровня коррупции экспертами, почти не фокусируясь на происходящих из года в год сдвигах. Поэтому исследование не всегда отражает реальную динамику, так как его колебания могут быть обусловлены корректировкой выборки, методологии и источников информации (при этом не все они обновляются на ежегодной основе), а место страны в общем списке может сильно измениться просто потому, что изменился список стран, включённых в рейтинг.