9 июля 1547 года в Москве поднялся бунт. Разъярённая толпа убила князя Юрия Глинского, что положило конец правлению этого боярского рода. Георгий (Юрий) и Михаил Глинские с 1543 года, после вызванного ими падения Шуйских, играли главную роль в управлении государством при малолетнем Иоанне IV и навлекли на себя ненависть народа и бояр. В июне 1547 года в Москве случился страшный пожар, когда за несколько часов полностью выгорел центр города, включая Кремль и Гостиный двор; четыре тысячи человек погибли, другие остались без крова.
Едва удалось спастись митрополиту Макарию: 70-летнего владыку спускали с кремлёвской стены, верёвка оборвалась – митрополит упал с высоты и сильно расшибся. Сопровождавшие его монахи задохнулись в дыму. Удручённые и обескураженные обрушившимся на них бедствием, москвичи решили, что столица сгорела от волшебства. Бояре собрали на площади горожан и обратились к народу с вопросом: «Кто сжёг Москву?» – «Глинские!» – отвечали из толпы. В народе распространились слухи, что мать их княгиня Анна (бабка Ивана Грозного) вынимала сердца из мёртвых и клала их в воду, которой потом кропила улицы города.
Мистические настроения лишь добавляли недоверия и ненависти к роду Глинских, происходившему от татарского мурзы Лексада. Во время вспыхнувших волнений Михаил с матерью находился в своём ржевском поместье, а Юрий был на площади среди бояр. Услышав обвинения и видя ярость народа, он бежал в Успенский собор.
Народ ворвался туда, убил его, а тело вытащил на Лобное место. Имение Глинских было разграблено, прислуга и дети перебиты. На третий день бунтовщики явились в село Воробьёво, куда переехал государь, и потребовали выдачи князя Михаила и княгини Анны. Толпа была рассеяна выстрелами, некоторые зачинщики схвачены и казнены.
Устрашённый судьбой брата, Михаил Глинский вместе со своим другом и сподвижником князем Пронским в 1548 году бежал в Литву. Настигнутые и возвращённые в Москву, они показали на допросе, что направлялись на богомолье в Оковец. Их уличили во лжи, но судить и наказывать не стали: извиняя их бегство страхом, обоих простили и даже оставили на службе у государя.
